В рабочей версии программы можно будет вносить изменения в конфигурацию?

Да, конечно.

Код программного продукта является открытым, за исключением подсистемы лицензирования. Т.е. есть возможность при необходимости изменять или дорабатывать программный продукт. Доработку конфигурации можно вести самостоятельно или обратившись к одному из партнеров фирмы 1С.

Большинство отчетов и печатных форм выполнены в виде внешних файлов, которые хранятся в базе данных в справочнике "Дополнительные печатные формы, обработки, отчеты, заполнение табличных частей". Их можно изменять или добавлять при этом не изменяя саму конфигурацию.

Состав основной поставки можно посмотреть здесь.